La matrice (ou tableau) de caractères permet de noter, pour chaque espèce choisie, les caractères morpho-anatomiques présents.
Le logiciel regroupe les espèces qui partagent les mêmes caractères :
Attention ! Le logiciel indique "queue" pour "absence de queue", "pouce" pour "pouce opposable", appendice nasal" pour "nez", narines" pour "narines rapprochées", "orbites" pour "orbites fermées" et "terminaisons des doigts" pour "ongles"…
Certaines espèces apparaissent dans plusieurs boîtes. Après emboîtement correct :
Certains groupes n'ont pas de nom. Après rectification :
L'humain se trouve :
On remarque qu'au sein des Hominoïdes, le Bonobo, le Gorille et le Chimpanzé se trouvent dans un groupe à part qui n'inclut pas l'humain, celui des animaux marchant en "knuckling walking". Est-ce à dire que ces trois animaux sont plus proches entre-eux que de notre espèce ?
D'après ces données moléculaires, notre plus proche cousin primate est le Chimpanzé.
D'après ces données moléculaires, le Chimpanzé est plus proche de l'humain que du Gorille.
D'après les données morpho-anatomiques, le Bonobo, le Chimpanzé et le Gorille sont plus proches entre-eux que de l'humain. Les deux méthodes ne donnent pas (exactement) les mêmes résultats.
Pour trancher, il faudrait multiplier le nombre de caractères (anatomiques ou moléculaires) pris en compte et les hierarchiser.