Certaines mycoses humaines (infections par des champignons) deviennent de plus en plus résistantes.
Source : https://www.cdc.gov/fungal/aspergillus-resistance.html
Aspergillus fumigatus est un champignon normalement non pathogène chez l'humain (car il est détruit par le système immunitaire - doc. 1) ; il se nourrit de débris végétaux mais peut aussi attaquer des plantes fragilisées (comme des raisins blessés - doc. 2) ou en monoculture intensive à très faible biodiversité (doc. 3) et provoquer des pertes agricoles. Les contaminations humaines proviennent des produits de la récolte sur des champs où le champignon est présent (doc. 2).
Le champignon devient résistant au traitement par les triazoles chez les humains (doc. 1) et les végétaux (doc. 4).
Cette résistance est acquise par des mutations du gène codant pour une enzyme, la CYP 450 (doc. 4).
Une partie des traitements au triazole va dans le sol (doc. 3), où ils tuent des champignons qui ne sont pas pathogènes. La disparition de ces champignons diminue la compétition avec Aspergillus fumigatus qui peut se développer davantage (doc. 5).
On sait (doc. 1) que les Aspergillus fumigatus infectant les patients sont résistants aux triazoles dans des proportions importantes -jusqu'à 90% dans certaines régions.
On observe (doc. 4) que plus on utilise les traitements antifongiques, plus la proportion de champignons résistants aux triazoles augmente car ces individus survivent et se multiplient.
On observe (doc. 1) que les utilisations médicales sont rares alors que l'agriculture intensive utilise massivement les traitements antifongiques.
On en déduit que la résistance de Aspergillus fumigatus qui menace les patients n'est pas provoquée par l'usage médical des triazoles mais bien par l'utilisation excessive de ces antifongiques par les agriculteurs.
On observe (doc. 4) que les individus résistants sont peu nombreux si l'utilisation des triazoles reste faible.
On en déduit que le seul moyen de stopper le développement des résistances de Aspergillus fumigatus est de réduire l'utilisation des triazoles dans les champs. Si l'exposition aux fongicides est réduite, des Aspergillus non résistants pourraient se répandre voire réapparaître.
Il faut donc trouver le moyen de réduire la présence des champignons pathogènes sans utiliser les antifongiques.
Plusieurs pistes sont possibles (doc. 5) :
Toutes ces pistes sont actuellement à l'étude et il faut éprouver sur le terrain leur efficacité et leur fiabilité. L'agriculture actuelle basée sur les traitements chimiques se trouve confrontée à des limites liées à l'évolution des êtres vivants : les organismes qui perturbent les productions agricoles sont massivement tués par les pesticides mais certains survivent et se répandent. Les agriculteurs doivent alors utiliser des doses de plus en plus importantes ou de nouveaux produits mais ces solutions sont à leur tour dépassées par des organismes qui résistent.
Des innovations prenant en compte les mécanismes évolutifs des résistances sont nécessaires mais elles sont encore à l'état de recherches. Utiliser une diversité de plantes cultivées, de prédateurs ou de champignons compétitifs sont des pistes intéressantes car ces techniques ne favorisent pas un seul type de pathogène et donc bloquent leur sélection.
Le même mécanisme de résistance menace l'efficacité des traitements médicaux. Les cas les plus fréquemment évoqués sont ceux des résistances aux antibiotiques qui se répandent aussi de plus en plus.
L'exemple des Aspergillus nous montre que la santé humaine et la santé environnementale (dont celle des plantes) sont liées et doivent être traités comme un même ensemble.