L'organisme est constamment confronté à la possibilité de pénétration de microorganismes (bactéries et virus) issus de son environnement. Ils se transmettent de différentes façons d’un individu à l’autre directement ou indirectement. Ils franchissent la peau ou les muqueuses : c’est la contamination. Après contamination, les microorganismes se multiplient au sein de l’organisme : c’est l’infection.
Ces risques sont limités par la pratique de l'asepsie et par l'utilisation de produits antiseptiques. L’utilisation du préservatif permet de lutter contre la contamination par les microorganismes responsables des infections sexuellement transmissibles (IST) notamment celui du SIDA. Des antibiotiques appropriés permettent d'éliminer les bactéries. Ils sont sans effet sur les virus.
L'organisme reconnaît en permanence la présence d'éléments étrangers grâce à son système immunitaire.
Une réaction rapide – la phagocytose, réalisée par des leucocytes – permet le plus souvent de stopper l’infection.